最近、日本人モヤモヤ病患者の80-90%において、遺伝子変異（RNF213遺伝子）が存在することがわかりました。しかし日本人の1-2%はそもそもこの遺伝子の変異を持っていますが、モヤモヤ病を発症する人はそれ以上にすごく少ないので、この異常だけではモヤモヤ病を発症するとは言えないと考えています。多くの研究者が、遺伝子異常に、更なるダメージが加わることでモヤモヤ病を発症するのではないか（セカンドヒット理論）と考え、その原因を探っています。